泼冷水
《宇航员的妻子》和《第九道门》都是功过相抵，德普的表现不温不火，票房基本已经被普遍接受--约翰尼-德普不是为利益而生的。但是，德普对于这种“认可”也无法接受，于是在《第九道门》拍摄结束后，立即接受老友蒂姆-波顿的召唤赶赴《断头谷》--影片根据华盛顿-欧文的经典恐怖小说《断头谷传奇》改编而成。《剪刀手爱德华》和《艾德-伍德》的哥特式美好一直令人意犹未尽，所以两人刚在伦敦聚首，就引起人们的无限遐想。虽然连姆-尼森、布拉德-彼特和丹尼尔-戴-刘易斯都曾是制片方考虑的人选，可是波顿坚持非德普莫数。最后波顿胜利了，不管过去是谁成就了谁，这次他成了德普的救世主，也只有他才能让德普爆发独一无二的能量。对于这次被人幻想了无数次的合作，波顿表示：“德普从来不在乎维护什么形象，他喜欢尝试新鲜的角色，而我就喜欢他这样。”受到波顿如此告白的德普投桃报李：“只有他肯不肯让我演的问题，没有我愿不愿意演的说法。况且我喜欢无头骑士的故事，克莱恩这个角色很对我的口味，紧张焦虑，神经叨叨，反正不是那种典型的爱情故事主人公。”
波顿对于赖德也是“念念不忘”，思衬再三还是请她来演女主角，尽管这个想法非常不现实。不出所料，赖德拒绝了，因为她觉得自己和德普已经成为媒体利用的对象，不管动机如何，印在纸上都一样，而且永远不会结束。为了不再让人捕风捉影，赖德忍痛割爱，把机会让给了与她私交甚好的里奇，这也使得人们对于两人再度联手的希望落空。好在里奇与德普并不生分，九岁时就通过赖德认识了他，当时的“傻冒”开场白至今让他印象深刻。后来在《赌城风情画片场再见时，德普一眼就认出她来，两人的默契在短暂的合作中初显端倪。到了《断头谷》，两人的对手戏水到渠成，相似的气质让擦出的火花都散发出哥特味道。
影片1998年11月20日在伦敦开拍，经历了一年的艰苦拍摄和精心打磨，于1999年11月19日在北美盛大首映，继而蔓延全球。观众反映火爆，过亿的收成延续了波顿的票房神话，也将德普积压许久的阴霾一扫而空。影片得到了媒体的盛赞，《达拉斯新闻早报》称之为“一次惊人的视觉体验”，《芝加哥太阳报》说它是“科波拉的《吸血惊情四百年》后最好看的恐怖片”，所有的溢美之词都为“波顿-德普”传奇写下最好的注解。德普的表演又再次得到了认可，成为了千禧年电影颁奖礼上的常客。影片开头客串“有头骑士”的克里斯托弗-李虽然没有和德普同场飚戏，却在看过影片后激动地表示：“他的表演是这部影片成功的关键，这个性感的男人现在和我是忘年之交！”《滚石》杂志如此称赞：“德普将一个胆小如鼠却坚持正义的小警察演得丝丝入扣。”至此，德普的事业再次起飞，以扬眉吐气的姿态完成了一次漂亮的绝地反击。
【断头谷】还在席卷票房时，德普忽然不务正业起来，接连跑了两次不大不小的龙套。第一个是普莉-波特导演的【哭泣的男人】，讲述犹太女歌手苏茜二战时从俄罗斯到法国再到美国的寻父经历。克里斯蒂娜-里奇饰演苏茜，如今的女王凯特-布兰切特饰演帮助苏茜成长的舞女罗拉。德普扮演苏茜的爱人，骑着白马、风度翩翩的吉普赛人恺撒，台词少得可怜，表演无需技巧，趴在里奇怀里哭泣的样子倒是惹人怜爱。为此他曾要求镶上金牙以增加人物的存在感，结果遭到拒绝。影片上映后争议不断，《滚石》指控导演：“画面漂亮，细节耐人寻味，主题却严重偏离轨道，导致演员们都变成漂亮的大花瓶。”《旧金山编年史》则炮轰德普和里奇生硬的对手戏，还不如和布兰切特的场面来得有料。不过，这次的鸡飞狗跳完全没有影响到德普，按他自己的说法，“能演吉普赛人才是最有趣的事情。”
考虑到他我行我素的性格，这番解释确实非常合理，不过谁也没想到他会继续为别人做嫁衣，而且还是扮演同性恋者。《夜晚降临前】是导演朱利安-施纳贝尔根据古巴著名作家雷纳尔多-阿里纳斯坎坷短暂的一生拍摄而成。由于涉及同性情感，媒体照例是一路探班到底，不过却是难得地給予鼓励，寄予厚望。德普首次一人分饰两角，圆滑冷酷的古巴军官维克多和继承艾德-伍德衣钵的异装癖者，后者还是帮助阿里纳斯偷运书稿出狱的非典型英雄。扮演阿里纳斯的贾维尔-巴登凭借此片飞遍全球拿奖，但他每到一处都要向人盛赞德普：“太不可思议了！他总是很容易就能进入角色，导演要求什么，他都能立刻做到。他的表演震撼着我，维克多军官的所有镜头都会永远印在我脑海里。”
有了两次不吃力又讨巧的客串经历后，德普越发玩得不亦乐乎，继续享受在《浓情巧克力】中担任第n主角的轻松自在。影片根据乔安妮-哈里斯的同名小说改编而成，是一部典型的浪漫文艺小品，并不过分招摇的女性意识使它既不为男性所排斥又能赢得女性观众的青睐。导演莱塞-霍尔斯卓姆对于德普在影片中的“卖弄风情”给过如下定义：“他是我在筹备时就决定好的人选，吉普赛流浪歌手的角色非他莫属。”德普却得了便宜还卖乖：“我是冲着美丽又有内涵的朱利叶特-比诺什小姐来的，她令我着迷。有她在，我丝毫不用担心这部电影的艺术性。”这话若是放在他花边新闻多如牛毛的时期，免不了要遭受一番狂轰滥炸。如今，德普能够随意向女演员表达爱慕之情，着实证明他和凡妮莎的感情甚笃。影片2001年1月5日上映后口碑与票房双赢，德普仅出场17分钟，确在海报上占据主角的位置，以几缕凌乱的金发掳获无数芳心。许多权威媒体纷纷送上表扬信，《纽约时报》表示德普的扮相就是“性感”的最佳范本，不但交足表演功课，更证明自己完全可以胜任“怪鸡”以外的角色。
在德普走穴成瘾之前，老友特里-吉列姆抛来橄榄枝，邀他拍摄堂-吉珂德的故事。当然不是直接改编塞万提斯的小说那么简单，按照吉列姆的一贯思维，现代人德普应该穿越时空回到十七世纪，让堂-吉珂德误以为他是老伙计桑丘-潘萨，兴高采烈拉上他一起冒险，由此引发一串啼笑皆非的故事，电影的名字就叫作《谁杀了堂-吉珂德》。不过令人遗憾的是，一切都和六年前《神圣的痴迷》的遭遇如出一辙，拍摄五天就遭遇一系列天灾人祸——天降暴雨，片场一片狼藉，投资方考察后更加失去信心，纷纷撤资，拍摄搁置后，堂-吉珂德的扮演者、法国演员让-罗切福特身患重病。最终，所有的麻烦一起终结了这部电影，德普和凡妮莎的首度携手也随之夭折。事后，凡妮莎伤感地回忆道：“开始我很怕和他演戏，因为他太优秀了，后来我鼓起勇气，想让他为我感到骄傲，没想到结果却是这样。”其实，对于两人来说，机会还有的是，不过带着莉莉-露丝一起出镜的念头倒是彻底打消。而另一边，本来跟着剧组拍摄制作特辑的基斯-富尔顿和路易斯-佩佩哥俩儿见状，赶紧调转方向盘，改而制成一部闹剧式的纪录片《救命啊！堂-吉珂德》，含蓄地调侃着《谁杀了堂-吉珂德》的一切。影片曾于北美正式上映，两位导演表示：“观众们一定会觉得很有趣，不过对于导演来说实在是一场噩梦。”貌似安慰的举动实际上成为这场事件最荒诞的结局。
同年，恺撒奖要表彰罗曼-波兰斯基为艺术做出的突出贡献，合作过《第九道门》的德普被邀请出席颁奖典礼，这或多或少冲淡了他失落的情绪。不过后来，德普没能抽出时间赶到现场，只得通过影响表达了德普风格的“祝贺”：“我真的想不通为什么非得评奖，那感觉就像互相残杀一样让我厌恶。我唯一要不断对抗的人就是我自己，每拍一部电影我都要和以前的自己斗争。没有什么所谓的谁比谁更好，我们都是与众不同的。”看似一通牢骚之后迅速变脸，讨好起女友娘家人来：“我很荣幸能够得到法国给我的这份礼物，我爱这个国家，也尊重法国人民，因为你们宽容地接纳我在这里生活。还有陪我一路走来的人，我衷心地感谢你们。”
《谁杀了堂-吉珂德》为德普留下了一段真空时期。他决定休养生息，和家人一起享受难得的假期，孰料一次意外又让他重登头版头条。当时，德普和凡妮莎刚从伦敦的米拉贝拉餐厅出来，被门外蹲点的记者逮个正着，对着他们猛按快门。这个突如其来的举动瞬间将他激怒，现场陷入一片混乱，警察赶来将他拦下才平息事端。那个记者后来通过媒体“图文并茂”地讲述了事情的经过，说德普威胁他如果不交出底片就杀了他。德普没有做出回应，发言人出面澄清说他遭到警告后已经得到释放。其实，孰是孰非到后来根本不重要，重要的是每个人都会这么想：德普这小子终于还是惹祸了。百口莫辩的德普终于想通，正因为必须要在好莱坞混饭吃，所以更应该让私人生活与它划清界线。于是，对于德普来说，逃离好莱坞，即逃离公众视线就成为他梦寐以求而且为之奋斗的最大目标。
因《浓情巧克力》当上大众情人之后，德普又接下《美国毒枭》，一部看上去很有品位的