不过日军大本营方面的这个想法并不被中国战场上的部队所认可，因为中国派遣军总司令部从上到下都认为，直接在战场上活动、观察的指挥人员与其统帅机关一直在平静的办公室里从电话、电报、文件、地图上掌握情况的决策人员，在感受上总是不一样。
中国派遣军总司令部认为，经5个多月的作战，从国民党军队在战场上所遭受到的损失和当前指挥状况等方面看，这个部队已是一支弱军，应利用这一时机继续进攻，以消灭其有生力量，毁坏其积存的战略物资、控制其主要交通线，占领其衣、食之源的广大农产区。
这样美军如在中国东部沿海登陆，日军则可减少后顾之优，集中力量与登陆的美军决战，而避免遭到中、美两军在战略上的东西夹击。
中国派遣军总司令部还认为，美军一旦在中国登陆，由于地域广大，地形复杂，不同于太平洋上特定的、“有限陆地”小岛，易于使美国海、空军发挥集中攻击的优势。
而在大陆上，日本陆军则可在这一广大地区，与美军展开大规模的陆上作战，和牵制美军进攻日本本土。
由于中国派遣军总司令部的充分自信，其大本营未再予以干涉，而继续进攻，直至中、越边境。
但此时，大本营也明白，局势已经朝着他们完全失控的方向发展了，眼下不仅仅是本土遭到美军机群的连续大规模战略轰炸，太平洋战场上的局势椰林日本方面担心不已。
半个月前，美军骑兵第1师顺利攻占了马尼拉，虽然没有彻底的攻克整个菲律宾，但是却将菲律宾最大的城市给打了下来，马来之虎山下奉文此时也成了一只病猫了。
而接近日本本土的硫磺岛守军第109师团、混成第2旅团、战车第26联队等被美军第3、第4、第5陆战师全部歼灭。师团长栗林忠道中将、混成第2旅团长千田贞季少将、战车联队长西竹一中佐等全部战死。
此时美军盖尔少将的第3两栖军，霍奇中将的第24军正准备在冲绳岛登陆。
在这样的情况下日本方面便开始进行本土防御的布置工作了，随后日军大本营下达了本土及附近地区防御作战的部队战斗序列。
根据大本营制定的防御方案，他们将日本本土划分为3个防御地区，即东部区、西部区以及北部区，东部区与西部区的分界线是名古屋以东至津轻海峡，西部区则是名古屋以西至九州之间的范围，而北部区则是包括北海道、南库页岛、千岛群岛等等。
接着大本营又公布了本土防御作战的部队配置，东部区的主要防守力量是第一总军，司令部位于东京。司令官杉山元元帅，参谋长须藤荣之助中将。
该部队下辖：第11方面军（仙台），计：1个军、6个师团、两个旅团；第12方面军（东京），计：6个军、22个师团、13个旅团；第13方面军（名古屋），计：1个军、7个师团、4个旅团（内高炮1个师团，战车1个旅团）。
合计共8个军、35个师团、19个旅团，技术兵种包括高炮、战车各2个师团，另外还有4个战车旅团。
西部区主要是以第2总军为主，司令部位于广岛。司令官畑俊六元帅，参谋长冈崎清三郎中将。
所部下辖：第15方面军（大阪），计：两个军、9个师团、3个旅团；第16方面军（福冈城南二日市）计：3个军、15个师团、11个旅团。合计共5个军，24个师团、14个旅团。
北部区的防御力量主要是以第5方面军为主，司令部位于札幌。司令官樋口季一郎中将，参谋长荻三郎中将。辖：5个师团、两个旅团以及3个要塞守备队。
另外大本营还直辖航空总军，司令部位于东京。司令官河边正三大将，参谋长田副登中将。辖第1航空军（东京），第2航空军（长春）；第5航空军；第6航空军（福冈）。
另外，日军大本营决定将台湾、朝鲜以及留在新不列颠岛、布干维尔、留在加罗林群岛和特鲁克岛上的部队，依次编成第10、第17、第8方面军，和原第31军，均归大本营直辖。
日本大本营在作了这些防御组织措施后，在本土的东海岸、南部海岸、西部海岸，强迫居民、学生，挖掘防御工事。此时的日本国内，昼夜遭受轰炸，男子被迫入伍，沿海各村构筑工事，军队调动和运输频繁，人民的情绪极为沮丧。
经过十多年的抗战，这场战争终于来到了发动侵略战争的日本本土。
日军在国内之防御部队此时共为72个师团，又35个旅团。单其中45个师团和24个旅团，是在1945年的年初仓促编成，训练时间很短，武器更是不足。
新编部队所装备的轻武器，步枪仅达50％，轻机枪77％，野、山炮25％，对战车炮26％。
而航空部队多为特攻用的旧式飞机与教练机，飞行员多数飞行在200小时，经验不足，技术不佳。
此外，日军一下子急速编成这么多部队，不仅兵器不足，各部队兵员也严重不足，不少师团仅有半数。
比如说九州、四国和箱根关以东沿海地区的作战工事，完成约60％至80％，其它地区的工事仅完成50％。九州、四国储备的弹药、油料等物资均按预定计划完成，但粮食储存量仅达到60％。箱根关以东地区，粮食储存量达到50％，但其它物资则极为不足。
还有就是，日军大本营根据硫磺岛作战和冲绳岛作战给美军造成重大损失的经验，决定在本土防御时，首先进行关键性的“水际作战”。
即当美军海上部队集结于近海地区和登陆换乘时，以大量的自杀空中特攻部队、岸防炮群、水上自杀机动艇群、水下小型自杀潜艇、水下人员操纵的大型自杀鱼雷，进行集中攻击，消灭美军大部于换乘时节。
当部分美军由登陆艇群到达滩头时，日军在预先部署好的炮兵群、坦克群、空军机群、反坦克炮群及轻火器的支援下进行连续的逆袭。
当部分美军在扩大滩头阵地时，则利用已构筑好的坚固工事和机动部队进行反击。
这些抗击美军的登陆作战，目的就是为了达到当时陆军大臣阿南惟几所设想的：进行有力一击，然后相机进行和谈的主张。
日本当时对本土的防御重点是两处，一是东京地区，即该地以东的鹿岛滩、东南的九十九里滨和东京西南地区的相模湾；二是九州南部地区，即九州南部东侧的有明湾和九州南部西侧的吹上滨沿岸。
在兵力部署上，除有沿岸防御师团、野战师团外，还专门成立了一个机动打击兵团，即由上村利道中将指挥的第36军。该军有较强的步兵师团8个、坦克师团两个。
为了抗击美军在日本本土登陆，日军发明了不少自杀性的特攻武器，除自杀飞机外，还有水上和水下武器。
比如水上自杀武器摩托艇，艇长5.1米，重1.4吨，以汽车的发动机作动力，最大时速达26海里，装有炸药250公斤，有两枚12公分直径的火箭弹；由一人操纵，对美军军舰撞击爆炸。
到日本投降时，已生产出这种小艇6200只，日军称装备这种自杀性舟艇的部队为“震洋特攻队”，意为威震海洋。
水下自杀武器“人工鱼雷”，长14.75米，重8.3吨，最大时速30海里；头部装炸药1550公斤。一人操纵，撞击美军军舰。
如此种种，日军是决定顽抗到底，即使是战至最后一兵一卒，也不愿意无条件投降。