耿九畴，字禹范，卢氏人，元吕思诚之重外孙，永乐年间考中进士，历官给事中、两淮盐运同知，出镇陕西，转右副都御史、都御史、江西布政使，擢南京刑部尚书。为官廉正，与儿子耿裕并以德行名著于世。
永乐末年，耿九畴考中进士，被授予礼科给事中，他议论持大体，有清正的名望。正统初年，大臣说两淮盐政久坏，应得重名节的人去治理，于是推选耿九畴为盐运司同知，他痛革宿弊，向朝廷提出了五项建议，皇上把它们定为法令。母亲去世，他辞官，盐场百姓数千人上朝廷请求把他留下。
耿九畴被起用为都转运使，耿九畴节俭而没有别的爱好，公事完后便焚香读书，廉洁的名声因此更响，连妇孺都知道他的名字。耿九畴后来遭到诬陷，被逮捕审问，罪名被洗清后，留他为刑部右侍郎。他屡次辨办疑案，不屈不挠，礼部侍郎章瑾被捕入狱，耿九畴和江渊等人建议将他贬官。章瑾的女婿给事中王汝霖很恨他，与同官叶盛、张固、林聪等人弹劾刑部不公，耿九畴、江渊于是也弹劾叶盛等人，并说王汝霖的父亲王永和死于土木堡，他还嬉笑自如，这种人不应任官。
当时景帝新立，急于用人，便置王汝霖等人不问，章瑾则照所奏请处治。凤阳岁荒，盗贼将要起事，皇上敕令他前往巡视招抚，耿九畴上奏留下英武、飞熊等护卫军边耕边守，招来流民七万户，境内因此得到安宁，两淮之地自从耿九畴走后，盐政又坏。不久，敕令他审理各府的重犯，他平反了许多人，命他兼巡抚江北各府。
耿九畴取代陈镒镇守陕西，都指挥杨得青等人私自役使操卒，耿九畴弹劾他们，诏令调查处治，并且命令各边镇，有像杨得青这样的人的，都报告上来。边将请增加临洮等卫的戍卒，耿九畴说：“边城的士卒并不缺，将帅如果能够严申纪律，赏罚分明，则人人自奋。否则的话，徒然浪费粮食而已。”于是不增戍卒。边境百姓春夏出塞耕田，到了秋冬常迁入塞内，耿九畴说：”设边将就是为了御寇卫民的，现在让百姓因躲避敌寇而失业，用将帅干什么？”便禁止百姓迁入塞内，如有遭贼寇侵扰的，便治守将之罪。
布政使许资说：“侍郎出任镇守官，与巡按御史不相统辖，事情多有滞留，请改授予他宪职为便。”于是耿九畴转为左副都御史。大臣出去镇守或者巡抚，都授予都御史之衔，即从耿九畴开始，有圣旨要买羊角为灯，耿九畴引用宋代苏轼谏阻神宗买浙灯的事，皇上于是作罢。皇上因有灾异而求意见，耿九畴请皇上延揽硕儒，公平赏罚，慎择守令，选拔将帅。皇上优诏答复他。
耿九畴入京师议事，皇上对侍臣说：“耿九畴是廉正之人。”把他留下任右都御史。关在都察院监狱的罪人官家不供给粮食，九畴提出此事，于是每天供给一升，并定为法令。后来，他上书请崇尚廉耻、清理刑狱、劝课农桑、节俭军赏、重视台宪官员的作用五项事情，皇上都嘉许采纳了。
御史张鹏等人弹劾石亨、曹吉祥，石亨等人认为九畴实是主使者，便把他也投进监狱，贬为江西布政使，不久调到四川，皇上问李贤，李贤说：“论老成而清廉，莫如耿九畴。”于是皇上把他召回。耿九畴到后，皇上看耿九畴年老，改为南京刑部尚书。