最强使徒不堪初号机的打击，愤然自爆。其威力震惊百里，其气势天地动容。光是矛，热是千军万马，见物便踏，见生便杀，爆炸之下只有超人能生还。
明日香简直不敢相信自己的眼睛，被毁灭爆炸包围在中央的自己竟然还安然无恙，更不可思议的是直面爆炸的超人，只见超人猎猎作响的披风，以及他高大的背影。只是站在那里，明日香心里就突然生出无边的安全感。
肯特表示力天使死的光荣，安息。只能说人类作死，却害得使徒全灭。其实人类不做死不唤醒亚当的话，使徒可能还会沉睡很久很久，甚至可能一直睡到人类灭绝。但人类唤醒了亚当，亚当又唤醒了使徒，接着就是人类大战使徒。
不过肯特也得感谢本世界人类作死，不然的话伽娜塔也吃不到这么美味的美食了。
爆炸持续了一分钟才平息，整个溶洞和地表形成了剧烈的气流对流，最后温度稳定在七八十度，原本欣欣向荣的地下世界化为焦土。
初号机也被爆炸倒地，再一次沉默。
肯特看了一下身后瑟瑟发抖的明日香，将披风披在了她的身上。肯特要去最下层看戏，没时间确保明日香的安全，披风却能让明日香在这高温环境里安然无恙。
呆呆地看着天神般的超人，双手抓紧超人的披风，感觉外面的温度也被超人披风隔绝了，心中充满了一种不明的感觉，似乎是被父母关心一样。
“结束了。”爆炸将溶洞之内的摄像头全部毁掉，但碇源渡却知道终于到了最后：“渚熏，成就我的时候到了。”
向渚熏生出罪恶的老手，碇源渡此时变成了个变·态。
亚当所在的手毫无阻拦地穿过衣服，手指触碰到了少年光滑的皮肤。
“碇，不要逼我。”赤木律子拿枪的手在颤抖。
然而碇源渡无视了她，他不杀赤木已经是开恩了，对方绝对不敢开枪的，就算自己接下来的行为会让世界毁灭，对方一样不敢，因为她就是这样的女人。
果然赤木还在犹豫。
时间慢了下来，是肯特太快了，救完明日香之后，他是势如破竹地冲到了最下面一层。在他的眼里，碇源渡的动作慢不可言，手臂进入渚熏身体的速度比蜗牛还要慢。
肯特心说少儿不宜啊，碇源渡要对儿子的男人做什么鬼畜的事情啊。
“你这可是犯罪，渚熏才十四啊，就算他是男的，也是三年以上，最高死刑。”
碇源渡的手被肯特拿住不能动分毫，他还是慢了一步。看到超人回归，碇源渡的脸色巨变，他知道一切都晚了。
手一点点地被超人拉开，绝望的神情爬上了碇源渡一向自信的老脸。
“就差那么一点点人类就变成另一种形态了，是不是很紧张很刺激。”肯特看着从天堂坠入地狱的碇源渡，露出了笑容：“陪你玩了这么久，看到你现在的表情也算值得了，那么现在我送你回万物之母的娘胎里去，去你一直想要去的地方。”
那是全线崩溃的表情，真的很痛苦。
碇源渡很不甘心，明明他再努努力就能把手插进渚熏的身体里完成融合，就差一步，半只脚都已经踏上神座，却被肯特无情打入地狱。
没有给碇源渡说遗言的机会，一发反转AT力场，碇源渡也变成了一滩橘子水。而碇源渡埋有亚当的手却在肯特手里。
伽娜塔将初号机里的罗素和碇真嗣全部恢复原样，碇真嗣再为男儿身。
“你们的选择，融合还是继续保持个体。”肯特问少年们。
碇真嗣想着初号机，心说如果融合就能见到妈妈么？心里有一点心动，不过他是不会融合的，因为他习惯了为他人考虑，为帮助凌波丽座上初号机，为拯救大家和使徒战斗，如果没有了其他人叫他怎么做，恐怕碇真嗣会陷入迷茫，他是最不希望世界上没有他人的人了。
罗素自然也不会融合，就算最后选择权就在手上。
最后是渚熏，他的炸弹线圈被肯特取下，似乎不相信肯特还愿意给他选择的机会。所以他做出了选择：“就算这个世界最后只有一个人值得生存的人类，那么这也是个美好的世界。”他看着碇真嗣说道，好像表白一样。碇真嗣的脸都红了，肯特转过脸去不看。
人类源于使徒却高于使徒，人类的精神和智慧来源于使徒却超越使徒，渚熏从碇真嗣这个弱者身上学会了人类的生存法则。
都拒绝了，肯特转向向莉莉丝的大肚子，对碇源渡的灵魂说道：“所以说了这个世界是属于年轻人的，你从一开始就输给了自己的儿子。”说着举起朗基努斯之枪一把将枪刺在了莉莉丝身上，继续封印。
碇真嗣对于自己老爸回到莉莉丝肚子里表示可以接受，至少现在他知道父母都在哪里了，有机会还能拜祭一下。
零号机，初号机，二号机，还有莉莉丝，以及神经元各个分部的量产EVA，全部被肯特封存，亚当则被伽娜塔直接吃掉了。这些危险的东西会成为影响世界格局的危险物品，被肯特公开交给了联合国的几个大国，核威慑变为了EVA威慑，新的纪元到来了。
而年轻的驾驶员们也变成了英雄，受到了全人类的关注。因为人类现在的和平是勇敢少年创造的奇迹。
SEELE的秘密也逐一被公开，大家震惊于世界暗处的邪恶宗教组织，并组织了国际追逃小组，以美里和加持为首全面追捕SEELE的残党。
一声婴儿响亮的啼哭打乱了剑鞘飞船的生活，肯特的披风变成了婴儿的襁褓。
这是浅上藤乃和两仪式的女儿，现在终于成熟落地，她被命名为‘明日香·未来’。因为她的灵魂就是明日香的。
在超人要离开的时候，赤木律子申请成为飞船的一员，她希望去见识更广阔的世界丰富自己的知识面，当然也有可能只是单纯的逃避。肯特心说以后反正还会回来，带个本地科学家出去见见世面倒也不算问题，就同意了。
赤木律子还说要带上明日香同行，肯特心说奇怪，虽然不介意再赤木带助手，可是他对明日香的性格是很头疼的，老实说他并不喜欢傲娇角色。
不过既然不喜欢，那么就能调教一下，明日香就这样从头开始了。肯特美其名曰这是为了明日香能适应飞船的旅行，有伤疤的人不能进行旅行。明日香在最后一战瞎了只眼睛，正好成为了肯特恶作剧的理由。
变为婴儿的明日香是口不能言腿不能跑，只能乖乖地享受孩子的待遇，接受两仪式久违的笑容。面对新的生命，两仪式也再也不能板着脸了。