核弹炸响，撼动整个欧洲，无数人看到了在强光和爆炸中缓缓飞出的超人，他们拍下这可怕的画面瞬间通过网络传输到世界各地。
SEELE高层以生命为代价营造出最后的谎言，所有证据全部指向了超人，无数谣言说核爆是由超人造成的，并且还有超人杀人的视屏作为证据，超人是百口莫辩。
而隐藏在世界各国政府要职的SEELE成员集体发难，开始对超人的职务进行攻击，是要去除超人对神经元的控制权。
SEELE就是一个现代教派，信仰‘人类补完计划’，并且所有的教员都愿意为此献身。政客，科学家，商人等等人类精英对此深信不疑。
众多的信徒齐齐发力，可以说在一夜之间扭转了人类对超人的看法，使得舆论彻底颠覆。之前超人还是人类的救世主，一转眼超人就成为了毁灭日。
民众在众多精英的引导下，都认为超人引爆了核弹，都觉得超人是要对全人类动手了。各国领导人都面临巨大的压力，他们希望超人给出解释，不然的话他们不得不宣布超人是人类的敌人。
局面风云变幻，肯特这一次彻底领教了SEELE在本世界的能量了，果然是扎根世界半个世纪的庞大组织，怪不得各国政府都不能发觉他们的阴谋，感情政府机构都已经被渗透得差不多了。
现在SEELE可以说是启用了全部的资源就是为了和超人一决雌雄，就算不能干掉超人，也要让超人在地球无容身之地。
难得看到一个如此团结的秘密组织，肯特都被感动了。以前肯特遇到过的秘密结社，总是会因为内部利益分配不均起内讧，给了超级英雄可趁之机。可是这SEELE却展现出来了前所未有的凝聚力。
可能是因为他们信仰的不是物质，而是超凡有关。他们坚信自己的行为能将全人类带往更高层次的次元。
其实也不能说错，人类补完计划能让全人类脱离肉身融合为统一的意识体，获得如使徒一样强大的力量。可是如果真的是为全人类好的事情，为什么要躲躲藏藏，以秘密结社的形势暗地里进行？
因为SEELE的人也知道‘人类补完计划’是得不到‘愚民’的支持的，大众根本都不会懂，只会抱着自己微薄的财产和生命苟活。SEELE的成员哪一个没有比平民更多的财产，他们的生命哪一个不比平民珍贵，他们的才华也比平民高出百倍千倍，他们都愿意为成就伟大而放弃这一切，但那些愚蠢的平民却不会愿意。
其实SEELE这群人的心思也不是不可以理解，马斯洛的需求层次理论就说人生在世，依次有：生理需求，安全需求，社交需求，尊重需求，自我实现需求。
平民需求最多的是没病没灾安安稳稳，老婆孩子热炕头。可是这些东西对精英来说，有些人是一出身就已经获得的，一些人是在奋斗之后获得的。他们需要的是更高一层的需求，在这个世界人类最高层次的追求莫过于‘人类补完计划’，这就好像给乞丐以金子，给色鬼以美色，给战士以武器，绝对是精英们可遇而不可求的目标。
其实肯特何尝不是这样呢，他已经获得了超凡脱俗的能力，所以才有闲心回过头来管那些乱七八糟的事情，寻求内心的满足。即使如此，他也经常会觉得异世界这不对那不对，有时候只能自己出手矫正。
其实超人对SEELE精英的态度，和精英对平民的态度并没差别，都认为自己是对，不如自己的人是错。唯一的不同就是肯特代表了最高的文明，所以理所应当能对人类这种原始的生物指指点点。SEELE比平民高的最多是掌握的资源不公平，而超人比SEELE的精英可是高到银河系外了。
做惯了超人，肯特是越来越习惯从高高在上的角度看着人类，有时候他也会迷茫自己是应该代入超人还是代入人类，最后他是能力看超人，品格看人性。肯特觉得这样最逍遥。
现在SEELE的人费尽心思却想要指责一个和他们不再同一次元的存在，那是大错特错。肯特的回击直接了当，公开SEELE一部分成员的犯罪记录，那些人为了SEELE的计划服务篡取了大量的国家利益，死上十次都不够洗白的，跳最欢的也死的最惨。
这让剑鞘飞船去公开就行了，根本不需要肯特出手，现在肯特要带伽娜塔主动出击猎杀使徒，不过肯特准备留下了最后一只战斗力最强的使徒作为最后的晚餐。
人类补完计划也到了最关键的时候，已经是迫在眉睫。
碇源渡原本是希望由凌波丽进行融合的，可惜他已经失去了凌波丽。那么最终融合只能由渚熏完成了，他和凌波丽一样都是人类为了融合而培养的特殊存在。
在渚熏体内的是一部分亚当的灵魂，他从小被SEELE收养，受到的教育就是‘人类补完计划’是必然进行的，也是人类唯一的出路。他的作用和凌波丽完全一样，是同情全人类的使徒代表，他一旦融合就会让人类意志成为主导。
然而真正掌握融合关键的是碇源渡，对《死海文书》解读最多的也是他。只有碇源渡才知道如何融合，是必须要使徒和亚当才能进行。整个SEELE都不知道这最关键的一点。
渚熏虽然知道，可是他和其他使徒一样认为第三新东京市地下就是亚当。而且对于人类，渚熏也有自己的思考，虽然人类确实充满了缺点，非补全不能完善，可是难道人类真的没有一点可取之处么？
渚熏一直希望能找到人类的闪光点，可惜一直以来他被监禁在SEELE机关内，直到现在才有机会来到远东的战场和其他人类接触。
而此时神经元总部，碇真嗣再一次座上了初号机，因为比起一直出问题的零号机，初号机更合适高强度的战斗。
碇真嗣再一次背负上了‘必须战斗，不战斗全人类灭绝就都是你的错’的包袱。明明是希望碇真嗣拯救世界，可是每个人都是一副这是你应该做的样子逼迫少年。
原著里碇真嗣除了开始几次的逃避之外，后来每一次都很好地完成了战斗，可是大人们一次次地将他逼上了绝境。战斗的残酷远远比不上父亲的冷血，为了完成自己的计划，碇源渡从来没有考虑过儿子的感受。原著里碇源渡用傀儡系统接替碇真嗣操控，去攻击四号机，在儿子面前把碇真嗣的同学好友打成了重伤。然后又因为明日香被精神污染，熟悉的凌波丽克隆死去换了新的凌波丽克隆出来，一系列的打击几乎将碇真嗣打倒。可是就算如此碇真嗣依旧以柔嫩的肩膀扛着拯救世界的希望，渚熏就是这个时候遇到碇真嗣才见到人类的可贵，就算充满了伤痛，就算懦弱胆怯，却依旧背负着一份责任活着，这就是真正的人类。
现在碇真嗣情绪不高，因为大哥生死未卜，而且现在大家都说超人是坏人，这让碇真嗣很担心。他感觉大人的世界要起风雨了。