神经元的金字塔总部本身就很大，可是在这地下空间内也不过是其中之一的景色，在这地下空间中最起眼的还是那可以航行驱逐舰的巨大地下湖泊。
地面收集的阳光反射到地下，停着驱逐舰的湖面波光粼粼。在地面是夏日炎炎，在地下却是凉风习习，好不舒爽。
“快把凌波丽运送出去。”美里当机立断，只有凌波丽不能被超人夺走：“用紧急通道。”
赤木律子这个混血的美女科学家仰头看着大屏幕上近在咫尺的超人，喃喃自语：“难道他是来自宇宙的拜访者么？”学习的东西越多就对未知越敬畏，赤木律子是绝对不敢说自己了解这个宇宙的真相的。
估计也只有一门心思破解《死海文书》的碇源堂才会一直自信满满，认为自己掌握了未来。
然而现在肯特来了，人类未来就不在人类手上了，肯特的透视眼能看到总部中人员的一举一动，一颦一笑。
甚至还能看到金字塔的下面还有更深的空间，在最深处，那个被称为‘中央教条’的空间里，就是莉莉丝的躯壳所在，现在她被钉在十字架上，被朗基努斯之枪封印。
这地下空间就好像一个笔直的糖葫芦，被一个通道贯穿，但不同的深度有不同的作用。
中央教堂要在神经元总部之下2800米，距离水平面至少有6000米。
肯特自然也已经看到了有人将凌波丽给转移了，不过凌波丽不过是容纳莉莉丝灵魂的容器，是用碇源堂妻子的DNA克隆出来的克隆人。真正重要的是提取莉莉丝灵魂的机器，正是有了这个东西才有了凌波丽。
SEELE虽然设计了‘人类补完计划’，不过执行的人却是碇源渡，这位神经元总司令。就和所有手持大权就会架空领导的不臣之人一样，碇源渡也有自己的一套计划。
碇源渡这位大叔可不是因为好心才对凌波丽养成刷好感的。他的目标就是让丽，也就是莉莉丝的灵魂对他产生好感，然后在消灭了其他使徒之后，他就会利用现在还在国外的亚当胚胎冒充亚当和丽进行融合。
莉莉丝的灵魂主意志是凌波丽的话，那么碇源渡就理所应当是丽心里很重要的存在，融合的时候莉莉丝就会对碇源渡有偏向，将碇源渡这个假亚当当做真亚当来对待。于是人类补完计划变成了‘碇源渡补完计划’。
全人类意志引导的新世界，变成了由碇源渡为主导的新世界。
因为使徒的智商很低，所以世界第一雌性使徒被困在人类的驱壳中的时候也不过是个无知好欺骗的少女而已。
计划很完美，可惜原著中，人算不如天算。碇源渡先被老婆拒绝，后来又被凌波丽拒绝，所有的成果都被他亲儿子给摘了桃子。
那可是亲儿子啊，碇源渡能怎么样呢，他也很绝望啊，当然只能选择原谅她们。
碇源渡的妻子碇唯在EVA启动试验里因为过度深入初号机的灵魂而被同化，成为了初号机的一部分，所以碇真嗣才会一上去就有如此高的同步率。某种程度上来说，初号机就是他的妈妈。
所以肯特直接看向了那抽取莉莉丝灵魂的机器，这东西可是连接其他所有凌波丽的。
凌波丽不仅仅是一个，莉莉丝的灵魂碎片被送到了所有的凌波丽身体里去，现在到处活动的凌波丽只是拥有最大灵魂碎片的一个，就成为了碇源渡主要的养成目标。
而有了莉莉丝灵魂碎片的凌波丽才是活生生的凌波，不然的话也只是一群尸体而已。
“那么我来取走凌波丽了。”旋转起来，变为钻头猛地扎入地面。
在众人震惊的目光中超人消失了。
入侵警报响了起来。
“第一升降通道突破，现在正在穿过MAGI机房，还在加速。”整个神经元各个角落里都有监控，超人不断下降瞬间突破了神经元的几个主要区域。
中央电脑机房，EVA整修车间，EVA培养室。EVA培养室是克隆EVA备用部件和克隆半成品失败品盛放的空间。
在光鲜的人工奇观的地下，却全是血肉的奠基。EVA克隆的失败品是难以处理的生化垃圾，只能全部堆放在地下空间里，这里简直就是诸神的刑房，枭首断肢开膛破肚五花八门。
肯特看到这些‘巨人’扭曲的身体，也是心中悲凉。人类还真是对这个世界的‘神’没有任何敬畏之心。不过肯特很快就反应过来，这世界的人类也是原本的神，在这个世界人类和‘神’就是竞争关系。
想到这里，肯特突然觉得人类和使徒的战斗简直就好像背后有一只幕后黑手在操纵，就好像在地球上养蛊一样，互相厮杀直到最后出现唯一的胜出者。
“培养室被突破，还在继续向下！”
再下面可就是机密部分了，除了神经元的司令和科技部主任，根本没有人知道下面还有什么。
赤木律子脸色一变，心说难道超人的目标是中央教条？
轰，最后的一层水泥，肯特来到了‘傀儡系统研究室’，在中央教条上面的一层，这里正在研究如何模拟使徒的灵魂，同时也是莉莉丝灵魂吸取机器和凌波丽克隆体的所在。
总部的作战人员只知道超人突破了神经元最底层之后还在向下，现在他们也不知道超人在哪里。
碇源堂也终于露出了慎重的表情。
“司令，超人现在的位置到底是什么地方？”葛城美里没想到人类对战使徒作战的军事基地里还有她这个主管战术的战术室主任不知道的地方。
“是傀儡系统的位置，司令，原来超人的目标真的是‘凌波丽’。”律子看着司令，似乎在等他的命令：“那些东西绝对不能落入他人之手，我请求引爆研究室。”
赤木律子和凌波丽是情敌，自然不会客气。赤木律子和她去世的母亲都深爱着眼前这位四眼大叔碇源渡，而且母女都和碇源渡有过不正当关系。可惜碇源渡也是无情的人，他一心就是养成凌波丽，对其他女人根本不吝言辞。
赤木律子现在说引爆凌波丽克隆人水槽所在的空间也是有私心的。
“你们不要卖关子了，那里到底有什么？！”葛城美里不爽了，感情好像就她不知道一样。
碇源渡在沉思，他要权衡利弊才能有所决断。