后来的发展正如马士英所预料的那样，到五月底，张献忠抵达武昌城下，开始攻城。当他来到城下时，城中官吏弃城而走，左良玉带兵逃走，楚府军开城投降。
张献忠拿下武昌之后，实力大增，也雪李自成在武昌建立政权，自称西王，还开科取士，一经录取立即授予官职。
湖广局势如此不可收拾，任何人都没有办法。
这个时候的孙元和马士英已经回到了南京，湖广距离南京实在太远，他们作为南京地方守军，也不可能离开这里进入湖广参战，后勤根本就跟不上。
为了保障南京西面的安全，马士英将信守前诺，将庐凤军的精锐交给了黄得功，加强了他的力量，卸掉了庐凤总督一职，回到了南京兵部。
孙元也是感觉一阵无奈加无力，他现在什么也做不了，只能让部队陆续还镇，自己则留在南京述职。
不管怎么说，这次讨伐刘超在南京人看来获得了辉煌的战果，大军回南京，受到了百姓热烈的欢迎，就连一向看孙元不顺眼的史可法也亲自跑来军营褒奖有功将士。
这次大战，孙元本打算改变明末悲惨的局面，可结果却是白忙一场。可见，这历史的惯性是何等的可怕，一只蝴蝶扇扇翅膀，并不足以引起一场大风暴。
下来之后，孙元想了想，突然有种明悟性：“我就算打败李自成，解了开封之围又如何？河南已经残破成那样，这小冰河期不过去，年年大灾，朝廷根本就没有力量赈济百姓，安定地方，恢复生产。如此一来，不也盗贼遍地，李自成就算吃再多的败仗，只需要登高一呼，就又数之不尽的流民加入到他的造反大军之中。从某种意义上来说，李闯有数之不尽，用之不竭的人力、物力资源。而我军，这次出兵河南，一营所需都要依靠马士英筹措，等部队开到开封时，后勤线一拉长，部队供给就开始出问题了。所以，这一战，我却是根本没办法打的。”
“同样，湖广那边也是如此。打仗，说穿了打得就是钱。朝廷没钱，我没钱，那就是万事俱休。”
“也许，现在我最明智的做法是先解决钱粮问题，壮大自己。在未来天变时，先将南京给守住了。”
“只要南京存，一切还是有希望的。毕竟，这里集中了半个中国的财富。只要守住这里，无论是将来李自成拿下北京，还是建奴入中中原，没有南京的赋税和漕运，他们都站不住脚。”
“说起来，我以前好象犯了一个大错误，以为靠军事手段就能解决一切。其实，这个思想是幼稚的。北京政府已经没救了，从现在开始，我得换个思路了。”
……
带着两个随从，身着便衣，漫步在南京的街道上，孙元轻轻地挥动手中折扇，表面上看起来非常闲适，可心中却显得颇为沉重。
同他不同，两个随从却是一脸的喜悦。
这次出兵永城市，所建功勋极大，孙元将军已经事先从马士英手头拿了不少告身。战后，军中有功将士都受到了升赏，到现在，扬州镇的编制总算是配齐了。
不但宁乡军，就连前去沾光的南京军各人也得了许多好出。回南京之后，南京军各部就地解散，各回各家。这些前来抢功的混蛋们几乎人人都有军功在手，有这份资历和功劳在，他们身后的靠山们自可好好运作一番，给他们谋一个好的官职。而且，这一战，南京军各人缴获甚多，都发了大财。
如今，整个南京地方军队的那一帮子人都承了孙元的情。虽说孙元也不在乎这些，在他看来，在这个乱世，实力为先，所谓的人脉靠不做也没有任何用处，可多一些朋友，少许多敌人还是好的。
至于孙元和马士英，自然也得了奖赏。兵部尚书史可法已经上折子去北京，为两人功功。南京城中的官民都在传言，这次马士英和孙元所立的功勋极大，斩获极多，乃是近年朝廷用兵少有的大捷，怎么着也该封个爵位了。马、孙二人，这次一个伯是跑不掉的。
对此，孙元却不以为然。崇祯皇帝对自己是有成见的，就算他要封自己爵位。可如今建奴正在山东河北闹腾得厉害，这道折子鬼知道什么时候才能送到天子手头。相比之下，他更希望马士英能够尽快将欠自己的军饷给补全里。
当时阮大铖代表马士英请孙元出兵的时候，开出了三十万两白银的价码。
当然这三十万两白银都不全是现银，毕竟银子也当不了吃当不了喝，用做军费的时候还得变成物资。因此，马士英都用粮秣物资来抵。
偏偏南京地区实在太富裕了，物价低，在外面打了将近一年的仗，这三十万两白银才用了二十万，还有十万两到现在没有支付。
现在的问题是，如何让老马就剩余部分掏出来。
马士英为了这一战，将凤阳的家底子都掏空了，如今又交卸了庐凤总督的职务，手头应该没有多少钱。对于这老头的信用，孙元没有任何信心，他连刘超这个准女婿都杀，真真是毫无廉耻和道德可言了。
如今的孙元倒是不穷，这一年来部队的吃喝都是马士英供给，拿下永城之后还得了三十万两好处。
不过，谁会嫌手上的钱多呢，况且，水师又是吃钱的大户。
反正自己最近也没有什么事情，索性在南京呆一阵子，想将钱讨回来再说。
老马也是可恶，一到南京之后就绝口不提这岔。孙元见天去兵部催讨，结果这家伙开始避而不见了，搞得孙将军很是恼火。
今日天气不错，孙元来了兴致，决定再次等门去寻马侍郎的麻烦。
刚走了两条街，就看到余祥和两个随从急冲冲地跑过来：“将军，将军，我回来了。”
原来，来南京之后，因为快一年没有回家，孙元就让余祥先回扬州镇看看。
现在却是回来了。
孙元大喜，急忙迎上去问：“小余，我娘可好？”
余祥：“禀将军，家里一切都好。就是老夫人……就是……”
“就是什么？”孙元一惊，急问。
余祥：“老夫人没事，就是闲不住，在通州官邸中的几亩荷塘里都种了席草，成天在家里织席。她那么大年纪了，还亲自下田去除草，怎么劝都不听。”这里的通州并不是北京的通县，而是后世的南通市。
南通有港口，地方也富庶，孙元的扬州镇治所就建在这里。
孙元松了一口气：“我娘操劳了一辈子，你叫她享福，闲下来，说不定还真要病倒，适当活动一下筋骨也是好的，不过，你得带个信回去，请她老人家不要带劳累。”
“是，将军。”余祥又笑嘻嘻地说：“恭喜将军，韶夫人生下了一个男孩子，如今都已经三个月大了，母子平安。”
孙元笑道：“算来日子也差不多，孩子长得如何？”
余祥：“还好，韶夫人挺好的，就是小公子有些偏瘦，吃食不成。不像少将军以前，那食量，简直惊人。对了，抓周的时候，小公子抓了一支笔，把老夫人喜得，说是这个乖孙儿将来肯定是要当进士做宰相的。”
孙元哈哈一笑：“读书好，读书好。对了，孩子叫什么名儿？”
余祥：“给小公子起名字的事情还得将军做主，老夫人只给小公子起了个狗儿的小名。”
“这小名也难听。”孙元皱了一下眉头，很是无奈：“也罢，贱名好养活。他的大名嘛……他的哥哥阿大叫孙天经，就以天字排辈，叫孙天养吧！”
“好名儿。”余祥大喜：“属下这就写信回通州告诉老夫人和韶夫人。”
等余祥走后，孙元得到母亲和家中妻儿的消息之后，心中快活，就又去了兵部。
可惜，马士英这鸟人又不在。不但如此，他还遇到了史可法手下的几个主事。这几个主事乃是正经的进士身，一向看不起武人。又因为孙元和史可法不和，就没有给孙元好脸色。
坐了半天，吃了几杯淡茶，听了一阵寡淡的话之后，孙元再也按捺不住起身离开，沉着脸，准备直接杀去马士英府上。
马府的幕僚和孙元可是老相识了，见孙元这个债主上门，一个个面上都笑开了花，热茶奉上，且几个幕僚如同众星捧月一般过来殷勤地同孙元说话。
双方述说了半天战斗友谊，回顾了半天往日的点点滴滴。说到永城之战的惨烈，大家都是一阵叹息，说起百姓所受的苦难，众人都忍不住眼眶红润，将孙元弄得老大没趣。
紧接着，几个幕僚又热情地邀请孙元去秦淮喝吃酒。
孙元忙了半天，肚子也饿了，实在经受不住，只得做了早已经准备好的轿子，一道烟过去。
自然是一通大吃大喝，到结束的时候，几个幕僚又建议大家去青楼听听曲子，谈诗论道。
孙元对这种事情半点兴趣也无，就推辞了。
他喝得来了兴头，就叫随从先回府，说自己想一个人安步以当车，在秦淮河边上散散步来。
随从大惊，都说将军何等尊贵身份，如何能够不带从者。孙元笑着挥了挥手，道，青天白日朗朗乾坤又怕什么？
这个年头南京没有经过兵火，百姓还算过得下去，加上江南地区民风偏软，秩序却比天子脚下首善之区的北京还好些。况且，城中满大街都是应天府差役和锦衣卫探子，安全得很。
众人没有办法，再加上孙元一向喜欢贴身穿着一件软甲，身上又带了兵器。且，大家对孙将军又极为崇拜，既然他下令了，大家只得自回府去。
这个季节正是秦淮河一年中风景最美的时候，走了半天，等的酒意消退，孙元才一拍额头：“好个马士英，给我来这一手，狡猾大大地！”