加州理工学院的新超算‘海狸’运行最初的酵母菌模拟程序，只需要十分钟，而原先的超算需要将近一百个小时。 不再是单纯的比拼算力，而是基因一号芯片配合曾凡专门设计的系统架构，能更好的适应模拟程序的运行。 新完成的果蝇模拟程序，超算第一次运行仍然消耗了十多个小时，这是一雌一雄同时模拟的完整过程，有了第一次的数据，后续模拟消耗时间会大幅度减少，这就是新超算系统的独特优势。 果蝇的细胞总数只有几十万，小白鼠的细胞总数一点五万亿以上，不过有了前面的数据积累，还有新型超级计算机的助力，模拟的难度没有细胞数目的差距那么大。 曾凡的实验计划是一年完成整个过程，小白鼠是哺乳动物，成长没有果蝇的变态过程，基因功能演化模拟的主要难度在胚胎发育阶段，只要这个起始阶段过去，后续难度会降低很多，可能都用不了一年时间。 为了配合曾凡的这个计划，帕米拉实验室的人员扩充到了八十多人，整个生物学部将近一半的人员都参与进来，如果人数不足，还可以随时找其他学校一起联合研究。 小白鼠和人类的基因组相似度超过百分之九十，如果能用超算成功模拟小白鼠，那距离模拟人类基因组的演化只有一步之遥，那意味着什么，很多人都清楚，学校内外有无数人都在默默关注着曾凡的模拟进程。 模拟从一颗受精卵细胞开始，雌鼠和雄鼠的染色体结合到一起，新的生命诞生，开始细胞的分裂过程。 别看果蝇到小白鼠基因的数目只从一万三增加到三万多，可是果蝇只有四对染色体，小白鼠却有二十对染色体，果蝇基因组碱基对一点四亿，小白鼠却有二十七亿，信息含量完全不是一个数量级。 碱基序列增加可不仅仅是模拟的复杂度提升，而是计算机模拟基因序列解螺旋和复制，RNA翻译的拼接肽链时间会更长，也更容易出错。 实际生命的诞生过程中同样会出错，有的错误不影响全局，可以忽略过去，有的错误可能导致整个基因复制中断，那就意味着失败，生命还没诞生就结束了。 越是开始阶段，这个过程当然越重要，受精卵第一次分裂在超算上面的演化模拟进行了整整一天的时间，不知道中断了多少次，曾凡不断修改数据，直到晚上十二点过才离开实验室回去睡觉，次日早早的又来到实验室。 超算并没有因为错误自动中止，演化模拟依然在持续进行，细胞分裂已经进行了上百次，已经从一个细胞变成了一个小肉团。 检查了一遍后台的数据，一切正常，并没有中断的记录，比果蝇演化刚开始的时候顺利了很多。 然后又检查分裂出来的细胞中的基因序列，看看有没有太多的错误，基因解螺旋复制再拼接组合的过程肯定会有错误，只要错误不影响后续发育就行，这部分模拟程序自身也会进行检查，小错误会自动修正，错误太大同样会自动中止。 相比较原先的超算，海狸自动修正功能更加优秀，这也是第一次分裂完成后，后续进展这么顺利的根本原因。 通过之前酵母菌，果蝇的模拟积累的数据，关于基因的复制转录，翻译到蛋白质的过程已经有了足够多的精确信息，这些信息总结出来的基本规律都是一样的，包括现在的小白鼠，微观上的演化过程都一样，区别的只是复杂程度。 就像木工的榫卯结构，基本原理和手法都相同，酵母菌是做了一个鲁班锁玩具，果蝇就相当于做了一套家具，小白鼠就相当于要做出一套纯木结构建筑。 基因组就相当于建造图纸，计算机演化模拟就是复现整个建造过程，前面的酵母菌和果蝇的模拟已经锻炼出来建筑技术，可以完成大部分小白鼠的演化模拟，但是这个工程毕竟更大，还涉及到更高深的建筑手段，肯定需要在不断试错中完成。 好在计算机的优点就是可重复性强，所有的数据都可以有序存储起来，相同的错误解决后下次不会再犯，模拟的过程也是在这样的过程中一点点进展。 每日重复的工作中，时间快速流逝，转眼间又临近春季学期期末。 实验室中与演化模拟同步孕育的小白鼠已经出生并且长大，繁殖出了后代，它们的后代都快到繁殖期了，超算中模拟的小白鼠还在孕育期没有出生。 与曾凡几个月专注于小白鼠的演化模拟中不同，薛燕这个学期忙碌了许多，不仅要顾及自己的学业，周末还要去贝拉农场，参与贝拉农场实验室的超算演化模拟。 单纯的操作超算除了开始的阶段，后续其实她不参与也没有关系，酵母菌和噬菌体的模拟程序已经很成熟，实验室的很多人都可以独立操作。 薛燕是真正的对这些微生物的改造产生了兴趣，看着这些现实中没有的微生物被设计出来，通过实验室合成制造出来，再作用于那些致病细菌身上，让她产生了莫名的成就感，尽管她只是配合别人工作，也让她对这些研究产生了浓厚兴趣。