盟国在华盛顿召开会议已经不是什么秘密了，随着大量的情报传回日本，大本营方面暴怒的同时立即商讨对策。
按照情报部门总指挥官土肥原的想法是，不管华盛顿会议最终会做出生么决定，真正对大日本帝国有影响的也只是支那战场，南太平洋战场大局已定，以美英等国的情况暂时不会对帝国造成致命的威胁，因此只需要重点关注支那政府就可以了。
另外，土肥原认为支那领袖这次前往美国，对于大日本帝国来说是一场除掉他的大好机会，因此建议大本营不惜一切代价拦截蒋，最好是能将其活捉。
大本营经过慎重考虑，觉得土肥原的建议很好，因此责令土肥原的情报部门一力承担此事，不惜一切代价在海空两路拦截支那领袖蒋，同时责令南方军加快进攻速度，争取早日结束南太平洋方面的战事。
接到大本营的命令之后，日本南方军迅速行动，按照南方军的作战设想，南方军先以进驻泰国的第25军为先锋部队，迅速作好进攻缅甸的准备，在作战初期相机摧毁南部缅甸的敌空军基地，保证日军在马来方面作战部队的侧背安全，然后攻占仰光附近，摧毁英蒋合作的据点，待作战告一段落后，再增加兵力击溃驻缅甸的英军，加强对中国和印度的压力。
同时再以第16集团军向荷属东印度发动进攻，以争取在最短时间内占领盟军在南太平洋上最大的油料基地。
此外、还要集中海军力量。对盟军在南太平洋仅存的海军舰队进行最后的打击，占领爪哇岛。
进攻缅甸。南方军决定以第33师团和第55师团主力为基干兵力，承担上述作战任务，并且由饭田军司令官为最高指挥官。饭田军司令官抵达曼谷后，按照南方军司令部的命令，对陆续到达的部队作了周密部署。
命令原为确保泰国安定暂归该军指挥的近卫师团，于9月24日以后由铁路运输归复原来建制；令由铁路和行军到达的第55师团主力在达府、麦索一带集结，以其一部在北碧西部地区集结；另外命令第33师团在达府附近集结，随时准备进攻缅甸。
与此同时。在占领新加坡之后。日军第16集团军迅速在苏门答腊和巴厘岛登陆，在正面摆开架势，向荷属东印度发动进攻。
面对日军的进攻，盟军方面乱作一团。由于苏门答腊岛和巴厘岛只有荷兰的一个师防守，五百英里长的爪哇北部海岸实际上向日军洞开。美英荷澳联军空军力量现在削弱到只有五十五架战斗机和八十五架轰炸机，海军力量有八艘巡洋舰、二十二艘驱逐舰和几个潜艇纵队，澳大利亚面临的威胁越来越大。
印度英军总司令韦维尔向伦敦方面发了一封电报。估量了远东的暗淡前景，电报最后说：“失去爪哇，虽然无论从哪一种观点来看都是一个严重的打击，但并不是致命的打击。因此不应作出努力来增援爪哇，那样做可能危及缅甸和澳大利亚的防御。”但是，韦维尔的建议并没有引起丘吉尔内阁的重视。
连续不断的噩耗让英国人以及英联邦成员对丘吉尔内阁失去了信心。他们极为怀疑丘吉尔首相和他的幕僚们是否还有办法控制“一连串的灾难”，这一连串的灾难现在不仅威胁着澳大利亚次大洲，而且也威胁着印度。
再加上英国首相丘吉尔和澳大利亚柯廷总理不和，柯廷在听到新加坡失守的消息后，立即召回正在横渡印度洋运送澳大利亚第一师的护航运输船队。而丘吉尔随即发出电报。命令护航运输船队改道驶往仰光，并且告诉柯廷：“在这个危险时刻。美国必定给你提供最大的支援。”
尽管罗斯福总统保证派遣更多的部队，澳大利亚总理和他的内阁仍然无动于衷，坚持要求运兵船队必须返回，他们认为首要的义务是拯救澳大利亚，他们还认为澳大利亚必将成为对抗日本侵略者的最后的基地，不管是荷属东印度还是缅甸都已经没救了。
9月24日上午，美国的老牌航空母舰“兰利号”运送一批战斗机前往芝拉扎的时候，被日本飞机发现并击沉。随后日军联合舰队一部向爪哇海靠近，试图在爪哇北海岸登陆，爪哇海战爆发。
日军企图以菲律宾和马来亚为基地实施两翼包围，首先攻占荷属东印度外围岛屿，夺取制海制空权，尔后集中兵力消灭盟军主力，攻占主岛爪哇岛，掠夺石油资源，支持其侵略战争。
参战日军为第16集团军，司令官为今村均中将，辖第2、第38、第48师团及第56独立混成旅团等，总兵力共约10万人，配合作战的有日本联合舰队第3舰队、第11航空舰队和陆军第3飞行集团，各型作战飞机约540架。
而盟军方面是由美、英、荷、澳组成盟军战区司令部，司令为英国陆军上将A.P.韦维尔。盟军驻荷属东印度的兵力有陆军9.2万人，主要以荷兰军队为主，有7.5万人，海军作战舰艇88艘，空军作战飞机约300架。
联合海军部队的司令是美国T.C.哈特海军上将；陆军部队的司令官是荷兰陆军中将H.塔.普尔顿；空军部队的司令官是美国陆军航空队L.H.希里尔少将。因只有一名荷兰军官参加这个联合司令部，而使得荷兰人深感失望。
尽管美英两国的海军都遭受了前所未有的重创，但是残存的海军舰队还是十分强大，集中在荷属东印度的这支舰队拥有重巡洋舰“休斯敦”号、轻巡洋舰“马波亥德”号，性能极佳的新式轻巡洋舰“波伊斯”号以及13艘驱逐舰，以及澳大利亚的2艘轻巡洋舰和7艘驱逐舰，康拉德.赫尔弗里中将指挥的荷兰海军舰队拥有轻巡洋舰“特隆普”号、“爪哇”号、“鲁特”号，7艘驱逐舰和16艘潜艇。
而且，美海军第10巡逻机大队的轰炸机，荷兰的战斗机以及爪哇基地上的B－17空中堡垒轰炸机，随时准备为盟国联合海军舰队提供空中掩护。唯独有一点令这些将军们很不满，那就是那些可恶的中国人竟然拒绝了罗斯福总统的邀请，没有让那支据说很强大的海军舰队南下配合他们作战，简直是不可原谅。
9月24日上午，准备在泗水登陆的日军第四十八师团搭乘在41艘船上，由水雷战队和驱逐舰队护航下，从巴厘巴板出发，杀气腾腾地沿爪哇海面南下，一场决定盟军能否在南洋群岛一带安身立命的爪哇海战一触即发。
下午一点左右，泗水的盟军海军舰队突然接到急电：“在马威安岛之西20海里处，发现日本巡洋舰2艘，驱逐舰6艘，运输舰25艘，在岛西北方65海里处，另有日本驱逐舰及运输舰数艘，该船团后方尚有日本巡洋舰1艘。”
杜尔曼将军立刻指挥舰队出击，盟军舰队由下列舰只组成：英驱逐舰“伊勒托拉”、“周比特”、“英康特”担任前卫，杜尔曼亲率巡洋舰“鲁特”、“厄克塞特”、“休斯敦”、“伯斯”、“爪哇”为中路舰队，左翼是荷兰驱逐舰“威斯”、“厄佛仙”、“喀登涅”，4艘美国驱逐舰“爱德华”、“福特”、“阿尔丹”、“保罗詹斯”为后卫，以一派威武雄壮的气势，浩浩荡荡的驶出泗水港。
日本入侵部队分成两个舰群，一支包括41艘运输舰在内的东部入侵舰队，由海军少将西村指挥，旗舰是“那柯”号。另一支是由海军少将高木指挥的庞大舰队，旗舰是“那智”号。
这场海战爆发的颇具戏剧性，当日军舰队的侦察机在报告发现盟军舰队时，高木少将感到十分吃惊，由于兵力分散，当时日军只有2艘重巡洋舰，2艘轻巡洋舰和14艘驱逐舰。从两军实力的比较来看，日军并不占优势，但在其它方面，日军占有优势，杜尔曼的通讯能力比较差，没有飞机去进行侦察，而日军却不断的用飞机进行侦察。
而且盟军的官兵在战斗岗位上已达近2天的时间了，不少人已筋疲力竭，杜尔曼在给赫尔弗里的一份电报中提到：“我的部属的耐力已达到极限，很快就要超过限度。”
爪哇海战是盟军在海上的再一次失败，经过半天的战斗，盟军损失惨重，“鲁特”和“爪哇”两艘巡洋舰皆因闪避不及而被鱼雷命中，燃著大火壮烈的沉没了。“鲁特”上的杜尔曼少将本可以搭乘救生艇离开险境，但他选择了与“鲁特”一起沉入大海的决定，壮烈殉职。
另外，盟军的多艘战舰被击伤击沉，原本强大的海军舰队在很短的时间内分奔离析。这一战，盟军保卫爪哇岛的海上力量几乎崩溃。