清廷授予蒙古封建主王公爵位，任命为札萨克（旗长）。札萨克世袭，根据清廷的规定和法令处理旗务，并接受清廷的监督。札萨克之下设协理台吉、管旗章京、梅伦、笔帖式等僚属，协理旗务。旗内的土地和属民由札萨克支配，旗下设佐，为基本军事单位，每佐设佐领一人，辖旗丁一百五十人，在旗札萨克领导下，审理丁册，征收税课，排解纠纷，传递信件及征发人丁。佐领之下设骁骑校、领催，协助位领办理军政事务。每六佐复设一参领统辖。在佐之下，每十户设一什长，为最低一级行政单位的管理人。清统治者为了不使旗札萨克享有独立权力，订出会盟制度，在旗之上设盟，合数旗而成。盟不是实质性的管理单位，只是一种实行监督的组织，一般不设办理盟务的衙门。只是在盟内各旗会盟时“简军实、阅边防、理讼狱、审丁册”。盟设正副盟长各一。每3年会盟一次，各盟均有固定的会盟地。盟长由理藩院于盟内各旗札萨克中选人赛清帝任命兼摄。盟长的主要任务是充当会盟的召集人，不能直接干预各旗内部事务，也无权擅自发布政令，只是对各旗札萨克起监督作用，并充当旗札萨克与清go-vern-ment的中间人。蒙古旧有的部，只在名义上保存下来，不具有任何行政职能。封爵为：
1亲王
2郡王
3贝勒
4贝子
5镇国公
6辅国公
7札萨克台吉
8一等台吉(塔布囊)
9二等台吉(塔布囊)
10三等台吉(塔布囊)
11四等台吉(塔布囊)
12固伦额驸
13和硕额驸
14郡主额驸
15县主额驸
16郡君额驸
17县君额驸
外蒙古四部：土谢图汗，赛音诺颜，车臣汗，扎萨克图汗，下辖旗八十六个，计：土谢图汗部20旗，属汗阿林盟；三音诺颜部22旗，厄鲁特2旗，属齐齐尔巴克盟；车臣汗部23旗，属克鲁伦巴尔和屯盟；札萨克图汗部18旗及辉特部1旗，属札克必拉色钦比都哩雅诺尔盟。
青海蒙古共置西蒙古和硕特、绰罗斯、辉特、土尔扈特等部28旗、喀尔喀部及诺门罕1旗，为1盟，由西宁办事大臣兼任盟长。
土尔扈特部编旗设盟：在今新疆巴音格楞蒙古族自治州境内的旧土尔扈特部4旗，为南路乌纳思索珠克图盟；今和布克赛尔蒙古自治县境内的3旗，为北烙乌纳恩索珠克盟；今乌苏县境内的2旗，为东路乌讷恩素珠克盟；今博尔塔拉蒙古族自治州境内的1旗，为西路乌讷恩素珠克盟。此外，新土尔扈特2旗，为青塞特奇勒图盟；和硕特3旗，为巴图塞特奇勒图盟。
在西套蒙古地区也建立了旗制。阿拉善地区和硕特蒙古，于康熙年间建立札萨克旗；额济纳地区亦建立了札萨克旗，皆不设盟。乾隆年间，杜尔伯特三策凌率部南附清朝后，于1754年（乾隆十九年），建左翼1旗，辉特1旗，为赛因济雅哈图左翼盟；又建右翼3旗，辉特1旗，为赛因济雅哈图右翼盟。