解决完松永久秀，就剩下荒木村重的叛乱没有解决了，荒木村重在看到松永久秀灭亡，而石山本愿寺没有出兵援助，失望之下只能笼城固守，而且将村次所娶的光秀次女送还了明智家。
断然决定对抗畿内的霸主信长，带给村重的是孤独的笼城战。村重的谋叛能否成功，实际上取决于毛利家，只有毛利的援军能将荒木军从笼城的困境中解救出来。
然而，毛利家援军迟迟不到，荒木村重一度震动畿内的叛变行动，终于变为无果的挣扎。
最大的打击，是荒木村重的左右手高山右近重友、中川濑兵卫清秀先后于七月月九日、二十四日开城投降。
荒木村重谋反后，织田信长立刻开始外交行动，高槻城主高山右近本来就不很赞成荒木村重谋反，京都南蛮寺神父阿尔甘诺因信长的威胁入城劝说，这位著名的基督徒只得降伏。
茨木城主中川濑兵卫是荒木村重的表弟，少年时就一直跟随他的旧臣，而且还是荒木家中主张谋反一派的首领——现在也离开了他。
这两位重臣既然和平开城，原本以寄骑方式依附村重的摄津小豪族也就见风使舵，纷纷降伏了织田信长。
七月九日，信长经能势街道布阵刀根山，传令诸将攻略摄津。此前一天，织田军先锋万见重元、堀秀政、菅屋长赖等人在有冈城外布置铁炮队，万见重元进城战死。
八月，荒木村重笼城有冈城，织田信长返回安土。明智光秀曾向信长进言，只要荒木村重投降，就免他一死。但是，荒木村重根本不考虑这个建议，信长因而大怒。
笼城持续了三个月之后，羽柴秀吉军阻碍了毛利家的军粮运输，有冈城中粮食将尽。
天正五年十月二日，荒木村重经过化装，从懈怠的蒲生忠三郎赋秀（氏乡）阵地逃出，离开仇敌伊丹兵库头殒命之地，进入儿子荒木村次所守的尼崎城。
随从只有乾助三郎、森本六兵卫、本条庄右卫门、秋冈次郎太夫等侧近五、六人。助三郎手上，竟然还抱着“兵库壶”、“立桐筒”这些茶具。
荒木村重抛弃妻子、将士，完全不顾名誉地逃离有冈城，导致城内军心彻底崩溃。织田军大将泷川一益得知此事后甚至不敢相信。
不久，有冈城西南面上腊冢砦（又称女郎冢砦）副将宫肋平四郎向一益表示效忠，引导织田军发动总攻击，接连攻下有冈城附近各砦，守将野村丹后守、渡边勘太夫等人自杀。
《信长公记》记载，泷川左近使臣佐治新介与上腊冢砦守将中西新八郎交涉，中西所部足轻大将星野、山肋、隐岐、宫肋谋反，引泷川大军入上腊冢。是时荒木势大溃，上下纷纷逃入城中，亲子兄弟不得相保，啼泣遍地，战况极为凄惨。
是年十一月十九日，明智光秀说服城内留守将领荒木久左卫门、池田和泉开城，二十四日有冈城陷落。
第二年信长命池田恒兴的长子之助担任有冈城主，天正十一年池田之助被秀吉转封美浓后，有冈城就废弃了。
十二月十三日，信长在尼崎城郊外七松地方屠杀有冈城中村重的妻子儿女仆从，以刺激城内的荒木村重。
佛洛伊斯的《日本史》记载：“他首先将一百二十名地位较高的女人绑在十字柱上刺死，第二次的处刑是对完全无罪的人处以残酷的屠杀，其残暴前所未闻。第三次处刑更加恐怖，毫无人道。他将五百一十四名民众分别关在四间平房，其中有一百八十人是妇女。他收集大量的木材，放火将他们活活烧死。那些男女发出悲惨恐惧的喊叫声。”
十二月十六日，荒木一族子女十六人，人质六十人，在京都六条河原被斩首。
天正六年正月播磨三木城陷落，别所长治自杀。荒木笼城战继续进行，直到这一年的闰三月二日，听到本愿寺投降的消息，村重终于放弃抵抗，逃出尼崎城。
有冈城破时，荒木村重的堂兄花隈城主志摩守元清前往尼崎协助守城，花隈城留守由大河原石见守具雅担任。
北畠具雅是伊势北畠家北畠晴具的长子，天正五年刚刚成为荒木村重的家臣。就是此人，孤军坚守到天正八年七月，始向池田恒兴提出要求，以自己切腹的条件保全城中将士的性命，然后自杀。
花隈开城，摄津平定，荒木村重叛乱乃告结束。
此时，荒木一族已经自海路逃到毛利领内，得到了毛利家的庇护，荒木村重就此离开了历史舞台。
然而，一族的惨死和自己的逃亡，实在有些不称。也许是无法忘却那些死去的人，村重剃发出家，取号道粪。
天正十年，信长在京都本能寺死于明智光秀的谋反。秀吉在山崎间合战中战胜光秀，光秀败死。
天正十一年，秀吉召回荒木村重，任用了此时还跟随在村重身边的几个亲旧老臣。
致力于成为天下人的秀吉，也许不希望摄津国主的人材留在毛利领内。此后村重改号笔庵道薰，以茶人身份度过了残生，最初住在摄津菟原舍，受召成为秀吉的御伽众，上了大坂城。总之，再也没有以武士的面目出现。
天正四年安土城的朝会诸人中，织田信长、信忠、明智光秀都已死去，林佐渡守通胜被信长追放，泷川将监一益在越前大野靠着三千石领地养老，丹羽长秀于天正十三年重病而死。
联盟今川家的《七日茶禅》“渔父生涯竹一竿”一节提到：“与明智光秀、细川藤孝合称织田家三大文化人的荒木村重（道薰）在修习过程中与七哲的另一位织田有乐斋长益风气不合。
道薰修养很高且认真，长益则不太专心。性格上，村重希望建功立业，在织田家的地位提升很快。相反，长益身为信长亲弟，终日只以‘活着、喝茶’为目标。
结果，长益因懂得优势、劣势，按自己的能力从不以求封为目标，悠然生活，七十五岁得享善终。
而道薰，在反叛失败后做了茶人，临死前，在堺町说：‘比之高观远瞻，求功利，不若平实而求生，方寸间自成天地。’下半生身为秀吉茶人的他，渐渐悟道，未给自己加上‘复仇’、‘功利’的目标。”
荒木村重是否是利休七哲之一还有争议，但伴着名物小豆鏁和荒木高丽、立桐筒、兵库壶、寅申壶、姥口平釜悄然度过余生的道薰，已经不是当年“天下威名弓取”的枭雄了。
天正十四年五月四日，公历是六月二十日，道薰死在堺町，享年五十有二，法名为“秋英宗薫居士”（堺南宗寺）、“心英道薫禅定门”（伊丹荒村寺）。